Existe alguma regra que devemos seguir para escreve-los?
Sim!
Os nomes científicos tem de ser sempre escritos em Latim, em itálico, ou se não for possível escrever em itálico (no caso de escreve-los manualmente) é bom sublinhá-los para destacar.
Os nomes científicos são compostos por dois elementos: Gênero e Epiteto.
Por exemplo: Musca domestica (Mosca). Dois nomes o primeiro, Musca é o gênero e o segundo domestica é o epiteto.
Uma outra informação importante é que o gênero sempre tem de ser escrito com a letra maiúscula como visto no nome acima destacado. E o epiteto sempre com a letra inicial minúscula, nunca maiúscula.
Eis aqui um vídeo para sobre nomenclatura que fiz.
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